隨著凍干機的發展，其可被應用的領域也越來越多，尤其在生物領域，凍干機是用來干燥熱敏性物質和需要保持生物活性的物質的一種有效新型干燥設備。現在國內許多制藥企業都用冷凍干燥法加工藥物，如各種抗生素、生物提取物、疫苗、酶制品等，以及在美容領域廣泛應用，如化妝品凍干粉，凍干面膜等。

凍干機在生物領域應用優勢，可zui大程度上防止了生物制品、藥品在水和熱的作用下很容易產生的性變和分解，對生物組織和細胞體損傷較少，能減少活菌體及病毒的死亡。低溫干燥，物質中揮發性成分損失很小，微生物的生長和酶的作用無法進行，能保持原來性狀。由于干燥在真空下進行，氧氣較少，因此易氧化的物質的到了保護。干燥能排除95%~99%以上水分、使干燥后產品能長期保存而不致變質。例如，人血漿在液體狀態只保存幾個月，而凍干后可保存5~10年。例如：麻疹弱毒活疫苗在液態的有效期為三個月，凍干后可延長一年。真空冷凍干燥的缺點是投資大、維護費用高、因而產品成本高。

凍干機在生物制品方面的具體應用：

a.活菌菌苗。例如卡介苗、流腦菌苗、結核菌苗、口服痢疾活菌苗、沙門氏菌、鏈球菌等。

b.火毒疫苗。例如麻疹疫苗、流感疫苗、狂犬疫苗、雞瘟疫苗等。

c.其它生物制品、生化藥品。乙肝表面抗原診斷雪球、人白細胞干擾素、輔酶A（CoA）、三磷酸腺苷（ATP）、尿激酶等。